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-140℃深冷冷冻机的冷凝器在长时间使用后很容易出现管道形成水垢的现象，如果没有及时处理掉，这些水垢会影响换热效果，导致机组的冷凝温度升高，进而导致制冷量降低、机组电耗增加。
1、机械除垢法：机械除垢是用软轴洗管器对钢制冷却管的冷凝器进行除垢的方法，操作方法是将冷凝器中的制冷剂抽出；关闭冷凝器与制冷系统连接的所有阀门。
2、化学酸洗除垢法：用配制好的弱酸性除垢剂对冷凝器进行清洗，使水垢脱落，提高冷凝器的传热效率。操作方法是：在酸洗槽内配制好除垢溶液，开动酸洗泵，使除垢剂溶液在冷凝器的冷凝管中循环流动24小时后，一般情况下24小时后水垢基本清除干净；停止酸洗泵工作后，用圆形钢刷在冷凝管器的管壁内来回拉刷，并用清水将垢、锈冲洗干净；再用清水反复清洗残留在管内的除垢剂溶液，直至干净。
3、电子磁水除垢法：电子磁水器的工作原理是将流经冷凝器的冷却水中的钙、镁和其它盐类在常温下以正负离子状态溶解于水中。当冷却水以一定的的速度流经磁水器的横向磁场时，溶解的钙、镁等离子获得感应电能，使其电荷状态发生变化，离子间的静电引力受到干扰和破坏，这样就改变了其结晶条件，使晶体的结构疏松，抗拉、抗压能力降低，不能形成粘结力强的坚硬水垢，成为松散的泥渣随冷却水的流动而排出。
这种除垢方法既能有效地防止新水垢的产生，而且还能清除原有的水垢，因为使用电子磁水器后，离子失去了结垢能力，这就对原有水垢失去了保护作用。另外经过磁化了的冷却水具有了一定的感应电能，同时由于冷凝器中的钢管与水垢的膨胀系数不同，使原有水垢逐渐发生龟裂，磁化水又不间断地侵入其裂缝中，破坏了原有水垢的粘着力，使之逐渐疏松而自行脱落并不断地被循环冷却水带走。
-140℃深冷冷冻机的冷凝器一旦结了水垢，则导热热阻大，于是热阻增加，传热系数值就要减少，因为冷凝温度与传热系数成反比，所以造成冷凝器温度升高，冷凝压力也相应增高，并且冷凝器结垢越严重，冷凝压力就越显著地增高，这样就使制冷机耗电增加，并造成制冷系统各运转设备的耗电相应的增加，造成电能浪费。
